ควรทำความสะอาดเพลทเฟล็กโซกราฟิกทันทีหลังจากพิมพ์ด้วยเครื่องพิมพ์เฟล็กโซ มิฉะนั้นหมึกจะแห้งบนพื้นผิวเพลท ซึ่งยากต่อการขจัดออกและอาจทำให้เพลทเสียหายได้ สำหรับหมึกพิมพ์ที่ใช้ตัวทำละลายหรือหมึกพิมพ์ UV ให้ใช้ตัวทำละลายผสม (เช่น แอลกอฮอล์) ที่มีความเข้มข้นต่ำกว่าที่ตรงกับเพลทในการทำความสะอาด สำหรับหมึกพิมพ์ที่ใช้น้ำ สามารถทำความสะอาดได้ด้วยน้ำยาทำความสะอาดที่มีฤทธิ์เป็นด่างหรือน้ำยาทำความสะอาดคุณภาพสูงสำหรับการพิมพ์เฟล็กโซกราฟิก และอย่าใช้แปรงขนแข็งเพื่อป้องกันรอยขีดข่วนบนเพลท หลังจากล้างแล้ว ให้เช็ดเพลทพิมพ์ให้แห้งด้วยผ้าที่ไม่เป็นขุย ระวังอย่าถูเพลทพิมพ์ซ้ำๆ และปิดผนึกเพื่อใช้งานในภายหลังหลังจากแห้งแล้ว ควรทำความสะอาดเพลทเฟล็กโซกราฟิกทันทีหลังจากพิมพ์ มิฉะนั้นหมึกจะแห้งบนพื้นผิวเพลท ซึ่งยากต่อการขจัดออกและอาจทำให้เพลทเสียหายได้ สำหรับหมึกพิมพ์ที่ใช้ตัวทำละลายหรือหมึกพิมพ์ UV ให้ใช้ตัวทำละลายผสม (เช่น แอลกอฮอล์) ที่มีความเข้มข้นต่ำกว่าที่ตรงกับเพลทในการทำความสะอาด สำหรับหมึกพิมพ์แบบน้ำ สามารถทำความสะอาดได้ด้วยน้ำยาทำความสะอาดที่มีฤทธิ์เป็นด่างหรือน้ำยาทำความสะอาดคุณภาพสูงสำหรับการพิมพ์แบบเฟล็กโซกราฟี ข้อควรระวังคือขณะทำความสะอาด ให้เช็ดเบาๆ ด้วยผ้าฝ้ายเนื้อนุ่ม และอย่าใช้แปรงขนแข็งๆ เพื่อป้องกันรอยขีดข่วนบนเพลทพิมพ์ หลังจากล้างแล้ว ให้เช็ดเพลทพิมพ์ให้แห้งด้วยผ้าที่ไม่เป็นขุย ระวังอย่าถูเพลทพิมพ์ซ้ำๆ และปิดผนึกเพื่อใช้งานในภายหลังหลังจากแห้งแล้ว