ควรทำความสะอาดแผ่นพิมพ์เฟล็กโซทันทีหลังจากพิมพ์เสร็จ มิเช่นนั้นหมึกจะแห้งติดบนพื้นผิวแผ่นพิมพ์ ซึ่งยากต่อการกำจัดและอาจทำให้แผ่นพิมพ์เสียหายได้ สำหรับหมึกที่มีส่วนผสมของตัวทำละลายหรือหมึกยูวี ให้ใช้ตัวทำละลายผสม (เช่น แอลกอฮอล์) ที่มีความเข้มข้นต่ำกว่าที่เหมาะสมกับแผ่นพิมพ์ในการทำความสะอาด สำหรับหมึกที่มีส่วนผสมของน้ำ สามารถทำความสะอาดได้ด้วยน้ำยาทำความสะอาดที่เป็นด่างหรือน้ำยาทำความสะอาดคุณภาพสูงสำหรับงานพิมพ์เฟล็กโซ และห้ามใช้แปรงแข็งเพื่อป้องกันรอยขีดข่วนบนแผ่นพิมพ์ หลังจากล้างแล้ว ให้เช็ดแผ่นพิมพ์ให้แห้งด้วยผ้าที่ไม่เป็นขุย ระวังอย่าถูแผ่นพิมพ์ซ้ำๆ และปิดผนึกเพื่อนำกลับมาใช้ใหม่หลังจากแห้งสนิทแล้ว สำหรับหมึกพิมพ์แบบน้ำ สามารถทำความสะอาดได้ด้วยน้ำยาทำความสะอาดที่เป็นด่าง หรือน้ำยาทำความสะอาดคุณภาพสูงสำหรับงานพิมพ์เฟล็กโซกราฟี ควรสังเกตว่าขณะทำความสะอาด ให้เช็ดเบาๆ ด้วยผ้าฝ้ายเนื้อนุ่ม และอย่าใช้แปรงแข็งเพื่อป้องกันรอยขีดข่วนบนแผ่นพิมพ์ หลังจากล้างแล้ว ให้เช็ดแผ่นพิมพ์ให้แห้งด้วยผ้าที่ไม่เป็นขุย ระวังอย่าถูแผ่นพิมพ์ซ้ำๆ และปิดผนึกเพื่อนำกลับมาใช้ใหม่หลังจากแห้งสนิท